判断RNA质量好坏的金标准是什么？你知道吗？

刚读研的小高同学有个疑惑：（他）提出来的RNA很好呀，就是荧光定量没有信号，什么原因呢？

我问他：怎么个好法？

于是，他马上给我发过来一张图

数据是真漂亮！

我问他有没有RNA电泳图，他理直气壮地说：我们实验室从来不跑电泳图，只要OD值正常，就接着往下做啦。跑电泳多麻烦！

在我的再三建议下，他跑了电泳，下面是对应的电泳图:

RNA完全降解！这怎么能跑出来信号呢？

这是没弄清楚判断RNA质量的标准呀！（也许是被传销人员洗脑了。）RNA是下游实验的基础，RNA没提好，做再多的下游实验都是白忙活！

其实，判断RNA质量的金标准只有两条：

一、琼脂糖凝胶电泳（检测RNA的完整性）

这个真的真的很重要！好比你在网上认识了一位的美女，二位一见倾心，很快，约线下见面，发现美女是坐着轮椅来的，就问你，什么感受？！

较好质量的RNA电泳图长这样(下图)：

一看就知道，这是柱式RNA Kit提取的RNA，28S:18S=2:1，完美！（原理详见下一篇：为什么RNeasy mini kit只有2条带？Trizol有3条带？）

理论上28S:18S为2.7:1，但长期以来人们使用2:1的比例作为鉴定RNA完整性的标准。事实上，大多数样品提取的RNA几乎都达不到2：1的比值。如果2 kb处的28S和0.9 kb处的18S条带清晰，且28S：18S>1，该完整性就可以满足绝大部分实验的要求了。

另外，从电泳图还可以看出是否残留基因组DNA的污染，例如下图

DNA污染（在点样孔下方，片段大小约10kb~20kb）

二、紫外分光光度计（检测RNA的纯度、浓度）

核酸在260nm处有最大吸收峰，蛋白在280nm处有最大吸收峰，盐离子和有机化合物在230nm有最大吸收峰。

在确保RNA完整性的前提下，RNA的纯度、浓度才有意义！

1、对于判定RNA的纯度，大家有个共识：

OD260/280=1.8~2.2，RNA的纯度较好；

OD260/280<1.8，存在蛋白污染；

OD260/280>2.2，可能存在RNA降解。

OD260/230的比值，跳跃性比较大，260/230的比值低并不影响下游实验,一般不做参考。

2、对于判定RNA的浓度，仪器会自动显示，算法如下：

RNA样品浓度（ng/μL）=OD260×稀释倍数×40 ng/μl